Pejabat Bendahari ditubuhkan seiring dengan pengiktirafan kampus ini sebagai sebuah pusat tanggungjawab di bawah Universiti Putra Malaysia Serdang (UPMS) yang dinamakan sebagai Universiti Putra Malaysia Cawangan Terengganu (UPMT) mulai Jun 1996. Sebelum diiktiraf sebagai UPMT, segala urusan kewangan diuruskan sepenuhnya oleh Pejabat Bendahari UPMS.

Sewaktu penubuhannya, Pejabat Bendahari hanya dianggotai oleh seorang Penolong Bendahari (W41), seorang kerani dan seorang jurutaip di mana ia hanya mengendalikan proses bayaran kepada staf dan pembekal. Pada akhir 1996, Pejabat Bendahari UPMT telah diterajui oleh seorang Timbalan Bendahari (W48).

Seiring dengan penubuhan Kolej Universiti Terengganu (KUT) pada Mei 1999 dan seterusnya di bawah struktur Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia (KUSTEM) mulai Mei 2001 dan Universiti Malaysia Terengganu pada 01 Februari 2007, Pejabat Bendahari terus berkembang samada dari segi struktur dan fungsinya sebagai sebuah pejabat yang bertanggungjawab menguruskan urusan kewangan universiti ini.